Détection de la mutation T790 M par PCR digitale dans une population de cancers bronchiques non à petites cellules (CBNPC) mutés EGFR, avant le traitement par ITK-EGFR : résultats d’une étude ancillaire à l’étude IFCT Biomarqueurs – France - 31/01/18

La présence d’une mutation T790M du gène EGFR est retrouvée dans près de 50 % des cas de résistance acquise aux ITK-EGFR. Des études antérieures réalisées sur de petits effectifs suggèrent que la mutation T790M peut être détectée avant la mise sous traitement. Nous utilisons dans cette étude une technique ultra-sensible et quantitative qui est la PCR digitale pour analyser la fréquence et les corrélations cliniques de la détection au diagnostic de la mutation T790M dans une grande cohorte de patients porteurs d’un CBNPC avec mutation de l’EGFR.

Nous avons analysé 256 patients mutés EGFR de la cohorte IFCT Biomarqueurs France pour lesquels de l’ADN était encore disponible en quantité suffisante et traités par ITK-EGFR. La PCR digitale était effectuée sur un système QX200 (Bio-Rad^®, Hercules, États-Unis). Tous les échantillons ont été testés en double. Une cohorte d’ADN de cancers colorectaux a servi de contrôle négatif.

La PCR digitale a permis la mise en évidence d’une mutation T790M pré-thérapeutique chez 23/256 (9 %) patients. L’abondance fractionnelle (AF) de la mutation T790M était >10 %, >1 %, <10 %, >0,1 %, <1 %, >0,03 %, <0,1 % chez respectivement 5 (22 %), 6 (26 %), 7 (30 %), 7 (26 %) et 5 (22 %) patients. La présence de la mutation T790M n’était pas corrélée à un type particulier de mutation de sensibilité de l’EGFR. Les populations avec et sans mutation T790M ne présentaient pas de données cliniques différentes. Dans le modèle de Cox, la mutation T790M est de mauvais pronostic en survie globale pour les patients dont la tumeur a une AF entre 1–10 % (HR 2,64, IC95 % : 1,06–6,6, p=0,04) et >10 % (HR 15,43, IC95 % : 5–47, p<0,0001). L’AF médiane était respectivement de 0,37, 0,48 et 1,87 % pour les réponses partielles, les stabilités et les progressions. La fréquence de mutation T790M était plus importante chez les patients à progression rapide (<2 mois) (n=9/20, 45 %) et classique (2–24 mois) (n=8/20, 40 %) que chez les patients à progression lente (>24 mois) (n=3/20, 15 %) (p=0,02). Dans les cas de progression rapide, l’AF de la mutation T790M était de plus de 1 % chez 7/9 (77 %) patients.

La détection par PCR digitale de la mutation T790M pré-thérapeutique est rapportée chez 9 % des patients CBNPC mutés EGFR et a une valeur de mauvais pronostic, surtout quand l’AF est supérieure à 10 %.