Approches diagnostiques basées sur le séquençage à haut débit - 04/04/23

Grâce aux développements du séquençage haut débit (SHD), l’élucidation de diagnostics sur des bases moléculaires se multiplie, permettant une meilleure prise en charge et un conseil génétique plus précis. Ces techniques permettent de déterminer précisément l’enchaînement nucléotidique de la séquence d’ADN des régions d’intérêt. Plusieurs analyses reposent sur cette technologie : les panels de gènes, l’exome et le génome. Selon l’analyse réalisée, les régions d’intérêt diffèrent (exons des gènes impliqués dans un phénotype pour le panel, ensemble des exons pour l’exome, totalité des exons et introns pour le génome), mais le protocole technique reste similaire. L’interprétation clinico-biologique repose sur un faisceau d’arguments et permet de classer les variants en 5 groupes (bénin à pathogène) selon une classification internationale. Celle-ci prend en compte des critères de ségrégation (détection du variant chez les apparentés atteints et absence chez les apparentés sains), le phénotype, les bases de données, la littérature scientifique, des scores de prédiction du variant et les données issues d’études fonctionnelles. L’interaction et l’expertise clinico-biologiques sont primordiales lors de cette étape. Les variants classés pathogènes et probablement pathogènes sont rendus au clinicien, de même que les variants de signification incertaine s’ils peuvent être reclassés en pathogène ou bénin par des analyses complémentaires. La classification d’un variant peut évoluer selon l’apparition de nouvelles données.

Genetic diagnoses have progressed through the development of Next Generation Sequencing (NGS), which enables improved patient care and more precise genetic counseling. NGS techniques analyze DNA regions of interest in view accurately determining the relevant nucleotide sequence. Different kinds of analysis apply NGS : multigene panel testing, Whole Exome Sequencing (WES) and Whole Genome Sequencing (WGS). While regions of interest depend on the type of analysis (multigene panels testing studies the exons of genes implicated in a particular phenotype, WES studies all exons of all genes, and WGS studies all exons and introns), the technical protocol remains similar. Clinical/biological interpretation is based on a body of evidence allowing categorization of variants into five groups (from benign to pathogenic) in accordance with an international classification, which takes into account segregation criteria (variant detected in affected relatives, but absent in healthy relatives), matching phenotype, databases, scientific literature, prediction scores and data drawn from functional studies. Clinical/biological interaction and expertise are essential during this interpretative step. Pathogenic and probably pathogenic variants are returned to the clinician. Variants of unknown significance can likewise be returned, if they are liable to be reclassified through further analysis as pathogenic or benign. Variant classifications may change, as new data emerge suggesting or ruling out pathogenicity.