Modifications du protéome nucléaire dans les fibroblastes de poumon atteint de fibrose pulmonaire idiopathique, de sclérodermie, et dans les fibroblastes traités par le TGF-1 - 02/12/14

Travail réalisé sous la direction de L. Plantier et B. Crestani.

L’identification des mécanismes conduisant à une différenciation pro-fibrosante héritable des fibroblastes au cours des pneumopathies interstitielles fibrosantes telles que la fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) et l’atteinte pulmonaire de la sclérodermie systémique (SSc) est un enjeu majeur. Les objectifs de cette étude sont d’identifier les modifications d’expression des protéines nucléaires dans les fibroblastes de FPI et SSc par rapport aux fibroblastes de poumon normal, et de déterminer si la cytokine pro-fibrosante TGF-β1 induit des modifications similaires.

Des fibroblastes cultivés à partir de poumon humain obtenu chez n=5 patients témoins, n=5 patients atteints de FPI et n=3 patients atteints de SSc ont été cultivés avec 0 ou sans 5ng/mL de TGF-β1 pendant 48h et les protéines nucléaires ont été purifiées. Les échantillons ont été séparés sur gel et analysés par chromatographie en phase liquide et spectrométrie de masse, afin d’identifier et quantifier les protéines dont l’expression était altérée dans le noyau des fibroblastes de FPI ou SSc et dans les fibroblastes traités par le TGF-β1, en comparaison aux fibroblastes de poumon normal. Une analyse d’enrichissement fonctionnel a été effectuée avec l’outil TOPPFUN.

Trois mille cinq cent vingt-quatre protéines ont été identifiées, participant majoritairement au métabolisme des acides nucléiques. L’analyse a mis en évidence une sur-représentation des protéines impliquées dans la biosynthèse du collagène dans les fibroblastes de FPI et dans les fibroblastes traités par le TGF-β1. Quatorze protéines impliquées dans l’épissage des ARNm étaient sous-exprimées dans le noyau des fibroblastes de FPI par rapport aux fibroblastes de témoins. Dix protéines non modulées par le TGF-β1 étaient dérégulées de façon similaire dans les fibroblastes de FPI et de SSc.

Les similitudes observées entre fibroblastes de FPI et de SSc semblaient indépendantes de la voie du TGF-β1. Une faible expression de la machinerie d’épissage a été observée dans les fibroblastes de FPI. L’exploration des autres compartiments du protéome permettra de mieux caractériser la différenciation pro-fibrosante des fibroblastes pulmonaires.