Évolution du microbiote pulmonaire chez des patients ventilés de réanimation, étude pilote de faisabilité - 21/12/15

Le traitement des pneumonies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) est responsable de plus de la moitié de la consommation des antibiotiques en réanimation. Le délai d’identification microbiologique des prélèvements par culture standard conduit souvent à une utilisation excessive des antibiotiques et à l’augmentation de la résistance des bactéries. De nouveaux outils sont nécessaires pour permettre au clinicien d’identifier plus précocement les patients développant une telle infection. L’objectif est de comparer la diversité et l’évolution au cours du temps du microbiote pulmonaire en fonction du développement ou non d’une PAVM chez des patients ventilés, à l’aide des nouvelles techniques de biologie moléculaire.

Étude pilote menée dans le service de réanimation médicochirurgicale de l’hôpital Louis Mourier à Colombes entre février et août 2015. Inclusion de tous les patients intubés dans le service avec une durée prévisible de ventilation mécanique supérieur à 72 heures. Des aspirations bronchiques (AB) et écouvillons oropharyngés ont été effectués dès l’intubation, puis répétés tous les trois jours jusqu’à extubation du patient. En cas de suspicion de PAVM, un LBA a été effectué. Les prélèvements ont été analysés par séquençage de l’ADN ribosomal 16S et par bactériologie standard.

Sur les 41 patients analysés (sex-ratio : 1/1 ; âge médian : 67 ans), 7 ont développé une PAVM. L’analyse par séquençage a été effectuée chez 10 patients dont trois ayant développé une PAVM, soit 90 prélèvements (34 AB et 41 écouvillons). L’analyse des séquences obtenues à partir des AB a permis d’identifier 218 espèces différentes dont 68 non présentes au niveau de la cavité oropharyngée. L’analyse des techniques d’extraction, d’amplification et de séquençage a été satisfaisante avec une bonne reproductibilité de la méthode. L’analyse des prélèvements d’un patient ayant développé une PAVM a montré une diminution de la diversité du microbiote au cours du temps avec apparition et identification de l’espèce bactérienne responsable de la PAVM bien avant son diagnostic clinique.

Ce projet, réalisé sur un nombre modeste de patients et d’échantillons, a permis de valider les différentes étapes nécessaires à la réalisation du séquençage de l’ADNr 16S. Il précède l’étude qui sera réalisée sur un plus grand nombre de patients nécessaire à la comparaison de l’évolution du microbiote en fonction du développement d’une PAVM ou non.