Diagnostic virologique des infections respiratoires basses - 29/01/21

Le diagnostic étiologique des infections bronchopulmonaires ne peut se faire sur les seules données cliniques, radiologiques et épidémiologiques. La part importante des infections virales chez l’adulte et chez l’enfant est démontrée.

Le diagnostic des infections bronchopulmonaires virales repose sur l’analyse d’un prélèvement respiratoire, de préférence profond, par des techniques qui détectent soit les virus grippaux et le virus respiratoire syncytial, soit un large panel d’agents susceptibles d’être responsables de la pathologie. Ces dernières, appelées techniques de PCR multiplex, permettent une approche syndromique de l’infection respiratoire. Leur coût élevé pour le laboratoire pose la question de leur place dans la prise en charge des patients en termes d’épargne antibiotique et d’isolement. Devant l’absence de recommandation, la stratégie et l’équipement sont très hétérogènes.

La place de ces tests dans la prise en charge des patients doit être évaluée par des études médicoéconomiques. Le rôle des différents virus, souvent détectés en coinfection, en particulier chez les enfants, mérite également l’attention des virologues et des cliniciens.

Les nouvelles technologies de diagnostic, l’émergence du coronavirus SARS-CoV-2 et la mise sur le marché de nouveaux antiviraux vont impacter les recommandations de la prise en charge de ces infections.

The etiological diagnosis of bronchopulmonary infections cannot be assessed with clinical, radiological and epidemiological data alone. Viruses have been demonstrated to cause a large proportion of these infections, both in children and adults.

The diagnosis of viral bronchopulmonary infections is based on the analysis of secretions, collected from the lower respiratory tract when possible, by techniques that detect either influenza and respiratory syncytial viruses, or a large panel of viruses that can be responsible for respiratory disease. The latter, called multiplex PCR assays, allow a syndromic approach to respiratory infection. Their high cost for the laboratory raises the question of their place in the management of patients in terms of antibiotic economy and isolation. In the absence of clear recommendations, the strategy and equipment are very unevenly distributed in France.

Medico-economic analyses need to be performed in France to evaluate the place of these tests in the management of patients. The evaluation of the role of the different viruses often detected in co-infection, especially in children, also deserves the attention of virologists and clinicians.

The availability of new diagnostic technologies, the recent emergence of SARS-CoV-2, together with the availability of new antiviral drugs are likely to impact future recommendations for the management of viral bronchopulmonary infections.