Identification des gènes essentiels in vitro de Pseudomonas aeruginosa OprD mutant résistant aux carbapénèmes - 09/03/22

Pseudomonas aeruginosa OprD mutant est une souche résistante aux carbapénèmes par perte de la porine OprD. Elle présente une pathogénicité augmentée vis-à-vis de l’épithélium des voies aériennes en contrebalançant la réponse oxydative antibactérienne. Pour tenter d’appréhender ce phénomène, nous avons cherché à déterminer les gènes essentiels pour cette souche par TnSeq.

La construction de la banque de mutant PA14ΔoprD a été réalisée par intégration d’un transposon au niveau des sites thymine-adénine (TA) du génome, inactivant ainsi dans chaque bactérie, constituant la banque, un gène de l’ensemble du chromosome. Les banques PA14 WT et PA14ΔoprD ont ensuite été cultivées en milieu LB et l’ADN génomique bactérien a été extrait, purifié, digéré par l’enzyme de restriction MmeI, ligaturé à des adaptateurs, amplifié par PCR puis séquencé à haut débit en « single-read » sur Nextseq 500. L’analyse des données pour déterminer les gènes essentiels a été réalisée via le logiciel FiTnEss. Les gènes identifiés ont ensuite été annoté avec leurs fonctions et les résultats obtenus pour les deux souches ont été comparés.

Avant de déterminer les gènes essentiels, les métriques des différents échantillons ont été contrôlées et ont permis la validation des deux banques. Avec le logiciel FiTnEss, 268 gènes essentiels ont été déterminés pour PA14ΔoprD en LB versus 358 gènes essentiels pour PA14 WT. 253 gènes étaient communs aux deux souches de PA14, 105 gènes étaient spécifiques à la souche WT et 15 gènes étaient spécifiques à la souche ΔoprD.

Les résultats de TnSeq nous ont permis de caractériser, parmi les 268 gènes essentiels pour la souche PA14ΔoprD, 15 gènes spécifiques à celle-ci en comparaison avec la souche PA14WT dont l’essentialité est la résultante de la perte de la porine OprD et qui pourraient intervenir dans l’augmentation de la pathogénicité du mutant.