Diagnostic de la pneumocystose et colonisation à Pneumocystis jirovecii : intérêt de la PCR quantitative. Étude rétrospective réalisée au CHU de Rouen - 05/01/20

La pneumocystose est une infection opportuniste due au champignon Pneumocystis jirovecii, qui touche les patients immunodéprimés. L’infection d’abord décrite chez les patients VIH touche actuellement principalement des patients sous immunosuppresseurs ou suivi pour des cancers. L’homme est le seul vecteur du P. jirovecii, il peut aussi être porteur sain. La PCR quantitative (qPCR) P. jirovecii est une technique très sensible pour la détection du champignon. La qPCR quantifie le nombre de cycle à partir duquel le produit PCR est détectable. Elle est inversement proportionnelle à la charge fongique. Ainsi, plus le nombre de cycle est faible plus la charge fongique est élevée. L’hypothèse de notre travail est que le nombre de cycle pourrait permettre de distinguer la pneumocystose de la colonisation.

Nous avons réalisé une étude observationnelle rétrospective monocentrique au CHU de Rouen entre le 1^er décembre 2016 au 31 décembre 2018. Les patients adultes qui ont eu une PCR quantitative P. jirovecii positive et qui étaient suivis au CHU de Rouen ou dans le centre anti-cancer Henri Becquerel ont été inclus. Les prélèvements respiratoires étaient analysés dans le service de parasitologie - mycologie du CHU de Rouen.

Le laboratoire a mis en évidence 207 PCR quantitatives P. jirovecii positives durant la période de deux ans. Cinquante et un ont été réalisées sur ECBC et 135 sur LBA, 11 patients ont eu plusieurs qPCR. Un traitement curatif antipneumocystis a été débuté chez 114 patients, 82 patients ont été considérés comme colonisés. Le traitement était par cotrimoxazole dans 90 % des cas, par atovaquone dans 9 % des cas. Nous avons montré une différence significative du nombre de cycle de qPCR entre les patients infectés et colonisés (30,37 vs 33,69 ; p<0,01). Pour un cycle inférieur à 31, le diagnostic de pneumocystose était retenu avec une sensibilité de 44 % et une spécificité de 89 %. Au-delà du cycle 34, pour un cycle supérieur à 34, le diagnostic de colonisation était retenu avec une sensibilité de 48 % et pour une spécificité de 72 %. Nous n’avons pas montré de différence sur le nombre de cycles entre une expectoration induite et un LBA chez les patients infectés (30,92 vs 30,22 ; p=0,13) et colonisés (33,21 vs 33,37 ; p=0,79).

La qPCR est un outil diagnostique intéressant dans les valeurs extrêmes<31 et>34 mais l’évaluation clinique, biologique et radiologique prime pour décider de l’initiation du traitement.